A pesar de que la energía solar está considerada como una energía muy limpia, no es del todo cierto y presenta algunos inconvenientes que debemos tener en cuenta:
  • Daño al ecosistema.
Aunque el daño al ecosistema del la energía solar no es excesivamente grande si que hay ciertos aspectos que conviene tener en cuenta, como la necesidad de agua para la refrigeración de la maquinaria y, en el caso de las instalaciones de colector cilindro parabólico, se le sumaría el peligro de contaminación del suelo por vertido o escape del aceite que se utiliza como recolector calorífico en los huertos solares térmicos.
Además, para la instalación de paneles, en algunos casos es necesario despejar el terreno, lo que provoca la consecuente alteración de la fauna y flora locales.

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  • Impacto visual.

Este es quizás uno de los principales inconvenientes. Para obtener un rendimiento importante es necesario ocupar extensas superficies de terreno. Por esta razón es necesario intentar minimizarlo integrándolo en tejados, diseño de los edificios, etc.

  • Producción de las placas de silicio.
Una placa solar en España tarda dos años en recuperar la energía usada en su fabricación.
Si bien la energía del sol es limpia, fabricar un panel solar puede no serlo tanto. Ahora bien, sobre esto existen muchas ideas equivocadas. ¿Contienen las placas elementos químicos contaminantes?
Como cuenta Antonio Luque, fundador y hasta hace poco director del Instituto de Energía Solar de la Universidad Politécnica de Madrid, el silicio es el principal material utilizado en la fabricación de placas solares, y “ni es tóxico ni contaminante” es un material inerte, el problema con el silicio está en su purificación.
Eso sí, durante la producción de las placas, “se pueden usar metales pesados como el plomo, pero son problemas en los que ya se trabaja”.
Carlos del Cañizo, nuevo director del Instituto Solar y antiguo discípulo de Luque, advierte que hay que tener algo más de cuidado con algunas células de capa fina, ya que en su fabricación se utilizan pequeñas cantidades de cadmio que sí pueden causar algún problema tóxico.

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  • Inconvenientes para la industria
Según datos registrados por las últimas investigaciones, el incremento de la producción de energía fotovoltaica derramada en paneles solares hizo que se pongan en peligro las reservas de silicio, el cual también tiene gran utilidad en la industria microelectrónica. La escasez silicio que encontramos hoy en día puede llegar a afectar a miles de ramas de la industria es por esto que los expertos están buscando materiales alternativos para poder seguir produciendo energía fotovoltaica a través de paneles solares.